Deniz Kuvvetleri Komutanlığı Dönemi
1978 yılında Türk Deniz Kuvvetleri Komutanlığının Karamürsel’e taşınmasıyla ada kaderine terk edilmiştir. Yassıada’ya bir dönem turistik programlar yapılmış fakat 1986’da bundan da vazgeçilmiştir. Ardından adaya İstanbul Üniversitesi Su Ürünleri Enstitüsü ve Fakültesinin ders olanakları verilmiş ama sonra bundan da vazgeçilmiştir.
Kuşkusuz Yassıada’yı ön plana çıkaran en önemli tarihi olay, 27 Mayıs 1960 askeri darbesi sonucunda Demokrat Partilileri yargılamak üzere kurulan Yassıada Mahkemeleridir. Yassıada Mahkemelerinde, 1950 ila 1960 yılları arasında hükümet olan Demokrat Parti üyesi toplam 592 sanık, 19 farklı davada yargılanmıştır.
16 Eylül 1961’de Fatin Rüştü Zorlu ve Hasan Polatkan, 17 Eylül günü de Adnan Menderes, Marmara Denizi’nin güneyinde yer alan İmralı Adası’nda idam edilmiştir.